Az első világháborút követően az Intézet igyekezett a lehető leggyorsabban visszatérni a megszokott kerékvágásba. Az iskola új célokat tűzött ki, ilyen volt például a magyarság pártolása, amit a magyar irodalom tiszteletétől a magyar tanszerek használatán át a magyar ipar támogatásáig terjedt. Igyekeztek előremozdítani a nyelvoktatást is. A németet kötelezően, a franciát pedig válaszhatóan tanulhatták a diákok. Nagy hangsúlyt fektettek ezek mellett a kézimunkában való jártasság megtanulására és az udvarias társalgás elsajátítására. Ám mindezek fejlődését beárnyékolta az egyre közeledő háborús fenyegetettség. 1938-től bevezették a légoltalmi oktatást, majd 1940-ben már riasztó jelre kellett az óvóhelyre vonulni. Mindezek ellenére 1942-ben hosszú előkészületek után megtartották az 50 éves jubileumi ünnepséget. A hangulatot viszont már itt is beárnyékolta a háború egyre közeledő felhője.
A háború csupán távoli fenyegetésnek tűnt az Intézmény tanárai és diákjai számára egészen 1944. szeptember 10.-ig, azaz a hatvani pályaudvar lebombázásig, ami az aszódi állomáson tovább folytatódott. A bombázás ideje egy vasárnapra esett, az Intézmény összes tagja a szokásos tanévnyitó Istentiszteleten ült, mikor a szirénák hangja az ellenséges bombázok közeledtét jelezte. A következő hetekben a pedagógusok és növendékek egyre gyakrabban használták a pincéket menedékként, akárhányszor felharsant a sziréna hangja, menekültek le. A tanárok nyugtalanok voltak, aggódtak, hogy mi lesz a diákokkal – főleg a távolról érkezettekkel-, ha a front eléri Aszód városát is. 1944. október 15-én Horthy rádióbeszéde után az Intézet, követve az elemi iskolát és a gimnáziumot kiürült. A szülők az utolsó vonatokkal hazavitték lányaikat, az épület teljesen elnéptelenedett.
Az épületet először a háború elöl menekülők lakták be kis ideig. Nem sokkal később a németek használták elsősegély-helynek a központi épületek némelyikét. Télen végül jöttek az oroszok. Először fiatal katonák kiképzése folyt itt, majd 1944. december 20-tól hadikórházat alakítottak ki a sérült katonák részére. Az orosz városparancsnokság többször sürgette dr. Sümeghy Istvánné tanárnőt, hogy kezdjék meg újra a polgári iskolák üzemelését. Ez azonban a tanárnők hiányában meglehetősen nehéz feladat volt. Először a gimnáziumot nyitották meg a diákok előtt, majd az elemi iskolát. Helyhiány viszont páros napokon csak a 3-4. osztályosok, páratlan napokon pedig csak 1 1-12. osztályosok járhattak iskolába.
Habár 1945 tavaszától az egykori Intézet tanárnői elkezdtek visszatérni Aszódra, az internátus újbóli megnyitásáról szó sem lehetett. A német nyelvet tilos volt tanítani, csak az orosz volt az elfogadott. Oroszul viszont egyik tanárnő sem beszélt, akiket pedig Kolofont Erzsébet igazgatónő megkér, mind nemet mondtak. Bár a kórházat 1945 novemberében felszámolták, az épület használhatatlan volt iskolai célokra. Az internátus berendezése tönkrement, a könyvtár és irattár részben eltűnt, a bútorokból csak törött fadarabok maradtak. 1946 tavaszán a tanárnők a növendékek és szülők segítségével az Intézet helyreállításába kezdtek, a hosszú, lassú folyamat pedig meghozta az eredményét, a következő tanévet már tűrhető állapotok között kezdték meg a nebulók. Azonban az 1946-os parlamenti általános iskola törvénybefoglalásáva, a gimnázium beolvadt az újonnan létrejött általános iskolával. Az oktatás továbbra is evangélikus szellemiségben folyt Kolofont Erzsébet vezetésével, mégis elvesztette a volt leánynevelő eredeti rendeltetését. A következő év őszén Kolofont Erzsébet megvált igazgatói pozíciójától és nyugdíjba vonult. Ekkora azonban már igazi általános iskolaként üzemelt az intézmény. 1948 nyarán az államosítás tett pontot az egykor virágzó, ám viharos éveket is megélt Intézmény végére.